1996年7月经闽清县编制委员会批准同意成立闽清县博物馆，为事业股级单位，人员编制核定三名，由县财政全额拨款。

2011年3月动工建新馆，2013年8月搬入新馆。新馆位于闽清县梅城镇天行新区，与县图书馆、县文化馆同属一座大楼办公，简称“三馆”，三馆总用地面积约3698.76平方米，建筑占地面积1500平方米，总建筑面积8616.9平方米，综合楼地上6层，其中博物馆建筑面积为1952平方米，展厅面积：1200平方米，一层为临时性展览展厅；二层为宋元陶瓷印记；三层为当代陶瓷典藏和农耕民俗文化展。2012年8月福建省文化厅授予福建省三级博物馆。